鯨魚威利回到了屬于自己的家園，而杰西亦已經長大，成為了一名海岸科考隊隊員，可是，他們之間的故事并沒有完結。男孩麥克斯的父親約翰是一名非法捕鯨手，有時候，當他穿梭在驚濤駭浪之中追隨著鯨魚的身影之時，會將麥克斯帶在身邊，這令麥克斯對鯨魚的感情十分矛盾。一次捕鯨行動中，麥克斯和父親闖入了威利的領地，處境十分危急，在生死攸關的緊要關頭，杰西出現化解了危機。這場意外令麥克斯逐漸了解了父親所作所為帶來的危害，可是約翰依舊我行我素。又一次，約翰在行動中落入海中生死垂危，威利不計前嫌挺身而出，救下了約翰。